Program Pendalaman Ilmu Agama di laksanakan pada kelas peminatan Ilmu Agama Islam (IAI). Program ini menitikberatkan pada kajian ilmu alat (Nahwu Shorof), Fiqh-Ushul Fiqh, Hadis-Ilmu Hadis, dan Tafsir-Ilmu Tafsir.
Dari Program ini beberapa siswa telah hatam 1001 Nadham Alfiyyah, mampu membaca dan memahami kitab kuning, dan memiliki penguasaan agama Islam yang mendalam.